妖怪倉(cāng)庫(kù)是把貴重的物品放進(jìn)里面就會(huì)立刻消失的倉(cāng)庫(kù)，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o(wú)話可說(shuō)的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉(cāng)庫(kù)內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤(pán)，除此之外別無(wú)他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開(kāi)倉(cāng)庫(kù)的門(mén)時(shí)，里面的寶物就全都消失不見(jiàn)，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉(cāng)庫(kù)真的存在？

解決了暗號(hào)事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來(lái)玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們?cè)谒褜さ倪^(guò)程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開(kāi)始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

天來(lái)到公園驚醒樂(lè)隊(duì)指揮訓(xùn)練的步美總是會(huì)遇到一個(gè)奇怪的人，這天在少年偵探團(tuán)的各位陪同下步美又一次遇到這個(gè)醉酒的跟蹤狂。第二天當(dāng)她們?cè)俅蝸?lái)到這里時(shí)卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)叫做與田的男人的尸體！看似是醉酒事故，但在詢問(wèn)了死者的同事之后得知死者恐高的事實(shí)。最終在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南確定了此次是殺人事件并找出了兇手的真實(shí)身份。

柯南他們?cè)诿谆ò儇洿髽抢镉龅搅艘粋€(gè)被不明人士綁滿炸彈的男人，他說(shuō)歹徒的目的是為了抓住每周給他寄紅色t恤的人，如果找不到那個(gè)人，歹徒將引爆散落在各處的炸彈，面對(duì)如此危機(jī)的狀況，柯南將如何應(yīng)對(duì)？與此同時(shí)，貌似赤井秀一的燒傷男性也出現(xiàn)在了這棟大廈中，他給茱蒂老師留下“此處有危險(xiǎn)”的訊息后消失不見(jiàn)，而得知赤井出沒(méi)米花百貨消息的黑衣組織也展開(kāi)了行動(dòng)，這個(gè)人真的是赤井秀一嗎？

意外的是門(mén)把上留下的指紋竟然是諸伏高明警官的部下，為找尋更多線索，大和刻意讓柯南跟著高明警官去曾經(jīng)住在別館里的翠川尚樹(shù)、山吹紹二、百瀨卓人和直木司郎家進(jìn)行詢問(wèn)，高明警官謊稱在門(mén)把上檢驗(yàn)出他們的指紋來(lái)觀察他們的反應(yīng)，不所料直木司郎聽(tīng)說(shuō)了這件事之后神色緊張，就在大家以為他是兇手，準(zhǔn)備進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查時(shí)，直木司郎被人殺死，而他家里的其中一面墻壁被涂成了紅色。