阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

小蘭去找新娘香取茜草時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)休息室內(nèi)空無(wú)一人，于是柯南和小蘭等人分頭行動(dòng)。根據(jù)那張繡球花的照片，柯南在噴泉的雕像上找到了丟失的紅寶石戒指，可是茜草依舊不見(jiàn)蹤影，小蘭和園子在風(fēng)車木屋附近找到了茜草的一只高跟鞋，便斷定她一定是被人綁架了，這時(shí)，時(shí)鐘響起柯南聽(tīng)出了其中的怪異，便循著聲音找到了茜草，可茜草卻說(shuō)真正有危險(xiǎn)的是阿妙婆婆……

柯南和小蘭跟著小五郎來(lái)到關(guān)門(mén)海峽，還在這里認(rèn)識(shí)四個(gè)高中時(shí)代就是同學(xué)的年輕人，沒(méi)想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門(mén)橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見(jiàn)過(guò)面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場(chǎng)證明，偵訊過(guò)后四個(gè)人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。

和葉與小蘭在廚房找食物的時(shí)候，柯南和服部也出現(xiàn)在那里，并且兩人又在椅子下面發(fā)現(xiàn)了奇怪的名字，絞盡腦汁想要破解這些文字含義的柯南與服部?jī)扇藚s因?yàn)楹腿~無(wú)意中的一句話而茅塞頓開(kāi)，雖然知道了兇手是誰(shuí)，但卻找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，于是二人設(shè)下圈套讓兇手自投羅網(wǎng)，一切都按計(jì)劃進(jìn)行，兇手果然有所行動(dòng)，可他卻不知道等待他的是兩名偵探！

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之三)卸掉偽裝后，工藤新一出現(xiàn)在滿月之下，在眾賓客吃驚之余，他也開(kāi)始了對(duì)整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集來(lái)的線索一步步的將真兇以及他的手法公之于眾，沒(méi)錯(cuò)，兇手確實(shí)與小五郎一組，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂帶走，新出醫(yī)生便尾隨其后，車子一直開(kāi)到碼頭，茱蒂下車揭露出他的真實(shí)身份，而這個(gè)人就是寄信給柯南和小五郎同時(shí)也是她殺父仇人的蓓摩特。