元太帶朋友們來(lái)到一家寵物店，沒(méi)想到居然發(fā)現(xiàn)了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現(xiàn)了本不該在這個(gè)季節(jié)出現(xiàn)的甲蟲(chóng)，為了進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲(chóng)博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅(qū)車(chē)趕往群馬，在這里他們認(rèn)識(shí)了博物館職員荒木、甲蟲(chóng)研究家榛名和雜志社編輯石田，當(dāng)?shù)弥拙粴⒌南⒑螅總€(gè)人都連忙推卸，但根據(jù)目前掌握的線索，兇手一定就在他們?nèi)酥小?/p>

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來(lái)到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書(shū)桌，接著又來(lái)到了詭異的圖書(shū)館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過(guò)一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書(shū)桌……

柯南他們少年偵探團(tuán)坐阿笠博士的車(chē)去野營(yíng)。在那里認(rèn)識(shí)了4個(gè)戶外同好會(huì)的大學(xué)生。晚上他們中間的泰美卻不見(jiàn)了。柯南他們?yōu)榱藢ふ姨┟蓝鴣?lái)到放煙花的高臺(tái)，但在途中撞飛了落下的欄桿。到達(dá)高臺(tái)后仍然不見(jiàn)泰美的蹤影，在回來(lái)的路上，卻發(fā)現(xiàn)了倒在路邊的泰美遺體出現(xiàn)在街上。雖然看似事故的現(xiàn)場(chǎng)但在高木警官的提醒下警方最終確定是他殺事件！

這件兇案的最大疑點(diǎn)就是，兇手從這個(gè)亂七八糟的黑暗房間逃跑的時(shí)候，居然沒(méi)有發(fā)出任何聲響，而且門(mén)鎖也沒(méi)有被破壞的痕跡，由此看來(lái)，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說(shuō)唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來(lái)這二人進(jìn)行偵訊，得知案發(fā)時(shí)兩人都沒(méi)有不在場(chǎng)證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時(shí)，警方發(fā)現(xiàn)死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機(jī)，查看過(guò)影像大家仍未發(fā)現(xiàn)有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關(guān)鍵。

平次和和葉子預(yù)定來(lái)找柯南，但到了預(yù)定時(shí)間還沒(méi)有出現(xiàn)柯南他們很擔(dān)心。小蘭突然想起了服部說(shuō)過(guò)要和一個(gè)叫楠川的偵探見(jiàn)面。不久柯南他們?cè)陂ǖ墓⒄业骄€索后來(lái)到律師伊藤美沙里的家里。但是伊藤卻聲稱平次他們的事自己完全不知情。但此時(shí)服部和和葉正被關(guān)在他家的房頂里，原來(lái)伊藤的目的是為了逼迫平次解開(kāi)放有自己偷稅證據(jù)的銀行保險(xiǎn)箱的密碼，平次和葉子是否能夠脫險(xiǎn)？