少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

通過(guò)新架設(shè)的偵探事務(wù)所網(wǎng)頁(yè)得到了一份乍看之下很簡(jiǎn)單的委托，當(dāng)小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見(jiàn)面場(chǎng)所后依然沒(méi)有見(jiàn)到委托人，再次回到事務(wù)所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開(kāi)事務(wù)所的他們發(fā)覺(jué)了其中的蹊蹺，再次回到事務(wù)所的他們準(zhǔn)備揭穿嫌犯的手法，但在這時(shí)他們卻聽(tīng)到了廁所里傳來(lái)的槍聲。

在宅急便送圣誕蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公園踢球消化腸胃，途中為了追把保羅咖啡廳當(dāng)做根據(jù)地的貓咪，他們不小心被關(guān)進(jìn)了宅急便的配送冷藏車內(nèi)。想辦法離開(kāi)的他們看到了貨柜里的尸體，打算向外界求救時(shí)手機(jī)又恰好沒(méi)電，拿出手邊所有東西的他們準(zhǔn)備想辦法向外界求助。

新印象公司旗下的業(yè)務(wù)員們發(fā)生不斷遭人襲擊重傷的案件，犯人甚至脅迫新印象公司的社長(zhǎng)要求支付現(xiàn)金，隨后犯人進(jìn)一步指明交付現(xiàn)金的必須是毛利小五郎，而警方還不知道犯人會(huì)以什么樣的方式接受現(xiàn)金。犯人利用電磁鐵取走現(xiàn)金的手法已被破解，而嫌疑人西澤也浮出水面，在小蘭和柯南前往西澤家調(diào)查時(shí)卻看到了他的尸體。

通過(guò)大和警官對(duì)若松社長(zhǎng)死訊的調(diào)查，已經(jīng)被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調(diào)查仰慕若松社長(zhǎng)的人，一方面開(kāi)始調(diào)查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標(biāo)鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒(méi)被檢查的社長(zhǎng)夫人卻死在了自己的房間里。