在死去的西澤家里發(fā)現(xiàn)了作案的手法和遺書，看似自殺的現(xiàn)場(chǎng)還存在很多疑點(diǎn)，在現(xiàn)金還沒(méi)有歸還的情況下小五郎檢查繼續(xù)調(diào)查。西澤的好友田中和公司社長(zhǎng)的互相指正引起了小五郎的懷疑，而一路探查的柯南看到了漂浮在宇田川河面上的部分鈔票，經(jīng)過(guò)整理之后柯南得知了這次事件的兇手，而他將代替感冒的小五郎為大家揭曉真相。

阿笠博士住在鄉(xiāng)下的老友龍?zhí)赡抢飫偤糜性麄兿胍纳钌介毙蜗x(chóng)，在柯南等人捉蟲(chóng)回來(lái)時(shí)卻發(fā)現(xiàn)龍?zhí)纱笫宓乖诹说厣?，門口的佛像也不翼而飛，再留下“深山楸形”幾個(gè)字后龍?zhí)杀銜灹诉^(guò)去。與龍?zhí)捎型恋剡吔鐔?wèn)題糾紛的周平和時(shí)常會(huì)偷盜佛像的慶都因與“深山楸形蟲(chóng)”有關(guān)系而被懷疑，經(jīng)過(guò)調(diào)查而前往道之站的柯南認(rèn)為兇手另有其人。

毛利收到的信件上寫著有人要?dú)⒑γ佬g(shù)館館長(zhǎng)的內(nèi)容，前去拜訪的柯南等人目睹了好幾次差點(diǎn)讓館長(zhǎng)喪命的危機(jī)。而今天前來(lái)拜訪的赤座先生已經(jīng)被殺害，懷疑壬生小姐行跡可疑的柯南和小蘭正準(zhǔn)備親自聯(lián)絡(luò)警方的時(shí)候卻遭到了襲擊，美術(shù)館里的三個(gè)員工是共犯，而館長(zhǎng)現(xiàn)在將要面臨危險(xiǎn)。

柯南用收據(jù)做出的特殊暗號(hào)被貓咪帶去保羅咖啡廳的時(shí)候被風(fēng)吹走了，在冷柜的他們情況很不樂(lè)觀，不能坐以待斃的他們又更改了送往阿笠博士家蛋糕的收獲地址，察覺(jué)到異樣的昴先生郵寄手機(jī)給貨柜里的柯南，但這一手法卻被犯人發(fā)現(xiàn)了。讓柯南沒(méi)有想到的是，前來(lái)解救他們的竟然是看到特殊暗號(hào)收據(jù)的波本。

以大阪發(fā)生的事件為契機(jī)，平次等人特地來(lái)到東京搜查，事件現(xiàn)場(chǎng)是一所公寓的房間，經(jīng)過(guò)柯南和平次的調(diào)查后判定這是一起自殺案件，利落解決案件的柯南等人準(zhǔn)備乘坐電梯回去時(shí)又發(fā)生了命案。乍看之下發(fā)生在眼前的是自殺案件，但柯南和平次發(fā)現(xiàn)了很多疑點(diǎn)，根據(jù)高木警官打聽(tīng)的結(jié)果，柯南等人鎖定了三名嫌疑人。