柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運(yùn)書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對(duì)于父親經(jīng)營(yíng)舊書店的事感到很不滿，爭(zhēng)執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來(lái)到了舊書店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機(jī)車發(fā)動(dòng)的場(chǎng)面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機(jī)車合影完畢返回書店時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

和柯南推測(cè)的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場(chǎng)消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽(tīng)到了電視臺(tái)打給毛利小五郎的電話，號(hào)稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

這天，米小圈和其他隊(duì)員一起做野外拉練鍛煉體能，看著其他隊(duì)員跑得氣喘吁吁，米小圈又開(kāi)始耍起小聰明，他繞了道悄悄躲在一棵樹(shù)下看小說(shuō)，休息，終于聽(tīng)到吹哨的聲音，他才匆匆爬起來(lái)，臨走時(shí)還不忘將手里的礦泉水往臉上噴噴當(dāng)做汗水，米小圈做這些游刃有余，當(dāng)他和其他隊(duì)員一起“大汗淋漓”地跑回操場(chǎng)，隊(duì)長(zhǎng)不明就里還表?yè)P(yáng)他能夠堅(jiān)持。看到隊(duì)長(zhǎng)翻開(kāi)隊(duì)員們號(hào)碼牌后面記錄的公里數(shù)，米小圈開(kāi)始懵逼了，很快隊(duì)長(zhǎng)看到米小圈只跑了三百步，當(dāng)著隊(duì)員的面毫不客氣地指責(zé)米小圈投機(jī)取巧，米小圈根本不服氣，他認(rèn)為既然是鍛煉體能，平時(shí)應(yīng)該多節(jié)省，等上比賽現(xiàn)場(chǎng)在揮汗如雨也不遲，大伙紛紛側(cè)臉，米小圈覺(jué)得自己根本沒(méi)錯(cuò)。果真，不久之后，他們與春華小學(xué)的對(duì)戰(zhàn)就開(kāi)始了，米小圈躍躍欲試，肌肉老師卻讓他有耐心，準(zhǔn)備讓米小圈在最后下半場(chǎng)進(jìn)入，并且當(dāng)做隊(duì)里的黑馬，米小圈聽(tīng)到肌肉老師如此重用他，心里非常得意。上半場(chǎng)春華小學(xué)以一比零的得分勝出，經(jīng)過(guò)短暫的休息調(diào)整后，秋實(shí)曉學(xué)的運(yùn)動(dòng)員開(kāi)始展現(xiàn)出優(yōu)勢(shì)，因?yàn)樗麄兤綍r(shí)比較重注體能訓(xùn)練，因此在后半場(chǎng)比賽中依然保持著雄厚的實(shí)力，眼看就要與春華小學(xué)的分?jǐn)?shù)追平，可是五號(hào)運(yùn)動(dòng)員卻因?yàn)椴恍⌒淖沔I手上受傷，終于被擔(dān)架抬下陣來(lái)。米小圈

受宿里村村長(zhǎng)之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過(guò)與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過(guò)塌方事故，其中一位外國(guó)挖掘隊(duì)員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說(shuō)中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過(guò)程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫有打開(kāi)機(jī)關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開(kāi)始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當(dāng)眾人齊心協(xié)力想要從書中找出紙條時(shí)，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機(jī)關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。