少年偵探隊(duì)為幫白鳥(niǎo)警官報(bào)仇，堅(jiān)持留下來(lái)和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來(lái)的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費(fèi)盡力氣找到的全都是用來(lái)混淆視聽(tīng)的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬(wàn)居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒(méi)有那么幸運(yùn)了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動(dòng)！

小五郎受邀帶著柯南與小蘭造訪知名畫家早河靜山的別墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激勵(lì)自殺未遂的靜山。次日，小五郎等留下靜山和黑木去海邊釣魚(yú)，而傭人山本典子聯(lián)系他們說(shuō)靜山留下手書失蹤了。很快，在竹林中發(fā)現(xiàn)了靜山的遺體。發(fā)覺(jué)自殺有可疑之處的柯南剖析事件真相發(fā)現(xiàn)他殺的證據(jù)和犯人的真實(shí)身份！

在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能囎映隽斯收希履系热私枳URON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開(kāi)發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹(shù)的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。

藤枝干雄被殺，雖然家中每個(gè)人的反應(yīng)有著微妙的差別，但卻都有不在場(chǎng)證據(jù)。在警方的調(diào)查之后，在妃英理和有希子的推理下判定為內(nèi)部作案。而在有希子詢問(wèn)了園丁土肥之后眾人又發(fā)現(xiàn)了新的疑點(diǎn)。在父親工藤優(yōu)作的暗示基礎(chǔ)上，柯南了解了兇手作案的手法，而最終有希子在柯南的幫助下揭開(kāi)了事件的謎底。

柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說(shuō)了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來(lái)到了這棟有鬼出沒(méi)的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過(guò)一具女性的焦尸，這些傳聞聽(tīng)著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時(shí)，卻不知不覺(jué)都睡著了，恍惚中，電視自己打開(kāi)并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？