在黑暗世界昂巴拉的一場突擊行動期間，天行者將軍被召回科洛桑。他必須將501軍團的指揮權讓給著名的絕地大師克雷爾，后者被證明對克隆人持有偏見。

"水下世界蒙卡拉馬里正處于內戰邊緣。共和國議員艾米達拉和她的絕地保護者安納金·天行者站在蒙卡拉馬里人一邊，而分離主義代表里夫·塔姆森則開始煽動夸倫人。

凱德·貝恩帶領一隊賞金獵人（包括偽裝成賞金獵人的歐比旺·克諾比）密謀在納布星球的光明節期間綁架最高議長。

回到科洛桑后，克洛維斯，這位已知的共和國的叛徒，做了一筆能夠讓他成為銀行業集團首腦的可疑交易。

克雷爾派雷克斯上尉和他的人馬執行一項不可能的任務：攻占一座戒備森嚴的昂巴拉軍空軍基地。