在幫純子小姐調(diào)查入室偷竊的時(shí)候小五郎和柯南遇到了一起命案，死者是純子小姐的鄰居北上先生，初步判斷為酗酒墜樓，但在高木警官調(diào)查附近鄰居時(shí)柯南看出了端倪。所調(diào)查的房間里柯南看到了幾處線索，這些都可以說(shuō)明北上并非意外墜亡，但是柯南還是沒(méi)有找到關(guān)鍵的證據(jù)，小五郎在電梯里整理儀容時(shí)柯南突然明白了什么。

阿笠博士中獎(jiǎng)拿到了餐飲券，少年偵探團(tuán)便跟著來(lái)到了位于米花百貨商店頂樓的高級(jí)餐廳，但是那里的主廚卻被人刺中腹部受到重傷。柯南見(jiàn)狀馬上聯(lián)系了百貨商店各處的偵探團(tuán)成員，正在挑選禮物的步美等人立馬去樓梯口尋找犯人的下落，但當(dāng)警察來(lái)后他們?nèi)说淖C詞卻完全不一樣。

不久，王聰聰父親來(lái)找魏老師要求轉(zhuǎn)學(xué)，還將那本畫(huà)有漫畫(huà)的書(shū)拿給老師看，王聰聰父親覺(jué)得秋實(shí)小學(xué)的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽(tīng)到非常驚訝，好不容易建立起來(lái)的友誼現(xiàn)在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會(huì)。一天，米小圈的父親接到一個(gè)電話，是王聰聰父親打來(lái)的，兒子被帶回家自學(xué)，將自己關(guān)在書(shū)房很多天，不吃不喝，只提出要見(jiàn)米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個(gè)鬼臉做完，王聰聰變又樂(lè)不可支了。經(jīng)過(guò)這件事，王聰聰父親開(kāi)始反省自己平時(shí)給米小圈的壓力太大，準(zhǔn)備今后帶他經(jīng)常出去玩玩，王聰聰終于肯出門(mén)了，平時(shí)在父親的高壓下學(xué)習(xí)，差點(diǎn)造成抑郁。而米小圈的父親覺(jué)得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對(duì)滿墻的獎(jiǎng)狀，他也開(kāi)始反省，是不是自己“散養(yǎng)”的教育方式才讓米小圈沒(méi)有王聰聰優(yōu)秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書(shū)房，滿墻的書(shū)籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開(kāi)心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學(xué)宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬(wàn)萬(wàn)沒(méi)有料到，父親訂單的旅游景點(diǎn)是在中國(guó)，并且標(biāo)準(zhǔn)的農(nóng)家樂(lè)，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，

7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時(shí)只有一個(gè)目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來(lái)到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來(lái)度假的客人井出正也無(wú)意間談起了7年前很熱門(mén)的特?cái)z劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因?yàn)楫?dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

利用步美找到的暗號(hào)解讀表，柯南本以為能順利解開(kāi)暗號(hào)，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時(shí)，若狹老師再次拜托少年偵探團(tuán)前往舊倉(cāng)庫(kù)尋找石灰。來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)的眾人發(fā)現(xiàn)倉(cāng)庫(kù)一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開(kāi)了暗號(hào)的含義，并推測(cè)犯人將再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計(jì)誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？