由美說(shuō)今天并沒(méi)發(fā)生交通意外什么的，這可讓柯南犯了難，就在這時(shí)，便利店店長(zhǎng)的一句話給了柯南提示，為證實(shí)自己的想法他還去翻垃圾桶，所幸一切如他料想一般，于是，大家一起乘由美的車來(lái)到一座舊倉(cāng)庫(kù)，可遺憾的是他們并沒(méi)有找到翔子，反而看到了兩只小貓，知道了翔子的秘密后，柯南又在倉(cāng)庫(kù)外發(fā)現(xiàn)了出車禍的痕跡，難道說(shuō)翔子有危險(xiǎn)？

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

根據(jù)死者筆記的記載，怪盜基德也很有可能混在這次尋寶活動(dòng)中，突然天降大雨，少年偵探隊(duì)進(jìn)入了大宅院內(nèi)機(jī)關(guān)重重的房子，元太認(rèn)為寶物一定就在房屋的最高層，便急著前往，不想剛踏上樓梯就踩中了機(jī)關(guān)，所幸被屋子里的一位尋寶獵人所救，之后柯南等人與他一起行動(dòng)，期間還碰到了另外兩位尋寶獵人，因?yàn)樵拇中模蠹业袈湮葑拥淖畹讓樱瑳](méi)想到這里居然白骨遍地。

去趕海的柯南和小哀，阿笠博士和少年偵探團(tuán)的各位，在那兒結(jié)識(shí)了悶悶不樂(lè)的大學(xué)生牛込嗣夫。后來(lái)，牛込迂的社團(tuán)成員三瀨隆、八島光枝、久津梢子買東西回來(lái)。路上4人的神情十分奇怪、一吃完午飯便回去了。之后，柯南留意到牛込忘了拿耙子，當(dāng)元太等人吧耙子送去給牛込趕到停車場(chǎng)時(shí)時(shí)卻發(fā)現(xiàn)了牛込已經(jīng)死在車內(nèi)！

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……