揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場后目擊墜落的時間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長時間，為了找出案情的真相柯南立即對案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。

毛利收到的信件上寫著有人要?dú)⒑γ佬g(shù)館館長的內(nèi)容，前去拜訪的柯南等人目睹了好幾次差點(diǎn)讓館長喪命的危機(jī)。而今天前來拜訪的赤座先生已經(jīng)被殺害，懷疑壬生小姐行跡可疑的柯南和小蘭正準(zhǔn)備親自聯(lián)絡(luò)警方的時候卻遭到了襲擊，美術(shù)館里的三個員工是共犯，而館長現(xiàn)在將要面臨危險。

看起來像是連續(xù)殺人的案件卻被定性為盜竊事件，世良等人對警視廳產(chǎn)生了懷疑，而昴先生也在她們的談話中知道了他現(xiàn)在所住房子的主人便是工藤新一。在園子和世良的慫恿下小蘭打通了新一的電話，感到不妙的柯南急忙躲進(jìn)廁所里，當(dāng)小蘭提到昴先生給新一的留言后柯南恍然大悟，這次案件的真相即將揭曉但柯南的秘密卻被昴先生發(fā)現(xiàn)。

小五郎一大早便被少年偵探團(tuán)纏上，他們委托小五郎調(diào)查的案件是米花町活動中心的花圃破壞事件，而在調(diào)查過程中與山崎小姐發(fā)生爭執(zhí)的花店老板奧田態(tài)度非常惡劣，因?yàn)樾D小姐的緣故小五郎決定介入調(diào)查。當(dāng)眾人晚上再次來到活動中心時花圃已經(jīng)遭到了破壞，在破壞的花圃旁還看見了山崎小姐的尸體，奧田被當(dāng)場抓住，但事件的真相到底是什么呢？

柯南和小蘭跟著小五郎一起參加他的老朋友結(jié)婚前的慶祝會，在熱鬧的氣氛中新娘加門初音小姐前往美甲沙龍做指甲，但是沒想到兩小時后初音小姐留下了“永別了”這句話后隨著停車場的爆炸聲變成了一具尸體，從掉落在案發(fā)現(xiàn)場的假指甲上采集到的皮屑與新郎伴場的DNA幾乎完全吻合，而初音小姐雇來的偵探安室透也將事件的矛頭對準(zhǔn)了伴場。