小五郎受邀帶著柯南與小蘭造訪知名畫家早河靜山的別墅。他的地址黑木次郎拜托小五郎激勵(lì)自殺未遂的靜山。次日，小五郎等留下靜山和黑木去海邊釣魚，而傭人山本典子聯(lián)系他們說靜山留下手書失蹤了。很快，在竹林中發(fā)現(xiàn)了靜山的遺體。發(fā)覺自殺有可疑之處的柯南剖析事件真相發(fā)現(xiàn)他殺的證據(jù)和犯人的真實(shí)身份！

無法渡海，大家只能暫時(shí)待在鎮(zhèn)長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對(duì)這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動(dòng)，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時(shí)，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發(fā)之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來，緊緊抱著灰原，面對(duì)這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時(shí)候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現(xiàn)，雖然保護(hù)了無辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質(zhì)成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來就是柯南與蓓摩特的單獨(dú)對(duì)峙，他能否根據(jù)蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因?yàn)榉溉丝赡艹钟姓囱蔫€匙，柯南推測鑰匙孔里會(huì)有血便請(qǐng)求測試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒有檢測出反應(yīng)！就在這時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機(jī)會(huì)。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。