小蘭找來醫(yī)生時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)柯南不見了，她四處尋找來到了犯罪現(xiàn)場(chǎng)，而服部已經(jīng)開始了對(duì)兇手的指認(rèn)，兇手就是死者的父親利光，他本人也主動(dòng)承認(rèn)，這時(shí)，工藤新一出現(xiàn)，他推翻了服部的推測(cè)，并對(duì)兇手重新指認(rèn)，服部甘愿認(rèn)輸，警方帶走兇手后，工藤因心痛難耐顧不上和小蘭說句話就躲了起來變回柯南，休息了三天后，他意識(shí)到老白干是讓他恢復(fù)原形的方法。

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會(huì)時(shí)，碰到了游戲制作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會(huì)場(chǎng)，期間，柯南偶然聽到一高大黑衣男子的通話，并從中得知此人和黑衣組織有關(guān)，可還沒能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關(guān)于黑衣組織的線索？

為找到更多的線索，柯南和服部對(duì)長門家的門衛(wèi)和廚師等人逐一進(jìn)行詢問，并且在對(duì)個(gè)個(gè)房間的搜查中，找到了女仆口中的床單，而且根據(jù)秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時(shí)間，一切準(zhǔn)備就緒，服部叫來目暮警官，重現(xiàn)當(dāng)時(shí)犯案的場(chǎng)景，兇手就是那個(gè)人，但逼死兇手絕不是一個(gè)偵探想要的結(jié)果。

柯南和小蘭在參加天下第一夜祭時(shí)碰到了作家世井，他讓小蘭幫忙拍了幾張照片，這時(shí)，橫溝警官找到世井說他的朋友今竹被殺，大家一起趕往犯罪現(xiàn)場(chǎng)，期間，世井用自己的文稿代替今竹的交給了《文藝時(shí)代》的記者，種種跡象表明世井就是兇手，可讓人棘手的是此人有不在場(chǎng)證明——相機(jī)里那些照片，仔細(xì)推敲后柯南發(fā)現(xiàn)了其中的破綻。

阿笠博士帶少年偵探團(tuán)來到野外，并交給他們一張地圖讓他們?nèi)ふ覍毑兀飞侠щy重重，但大家不畏艱險(xiǎn)互相扶持，終于接近終點(diǎn)，柯南解開天之水與天之石的暗語，順利找到了藏有寶物的底下通道，這里有兩大袋珠寶，然而在途中碰到過的兩個(gè)行跡可疑的男人突然出現(xiàn)，柯南采用智斗將他們打到后，又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)大木箱，這才是阿笠博士想讓他們找到的寶藏。