工藤收到屋田誠(chéng)人的信，信上說(shuō)他一年前辦的案子有差錯(cuò)讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個(gè)村莊。柯南只身來(lái)到了信上所說(shuō)的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時(shí)，他因?yàn)檎`食解藥的身體開始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時(shí)他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過(guò)去，服部一行帶著新一來(lái)到了當(dāng)時(shí)的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)日源村長(zhǎng)家，并在這里碰見了記者河內(nèi)深里以及屋田誠(chéng)人的同學(xué)水川萌生。

在東京的松陰神社，少年偵探團(tuán)及時(shí)救下了被男子襲擊的小早川公子小姐，為了尋找她爺爺藏起來(lái)的足以買下國(guó)家價(jià)值連城的寶藏，大伙一起前往她的老家津和野在中途的新山口車站，遇到了自稱是公子小姐的朋友川子茂先生，但柯南和灰原注意到這并非他的真名，到達(dá)之后，他們又發(fā)現(xiàn)了新的暗號(hào)，順著線索來(lái)到了萩市，沒想到襲擊公子小姐的人那些人將灰原、光彥和公子小姐帶走。

小五郎一行人駕車來(lái)到杯戶中央橋卻并沒有任何發(fā)現(xiàn)，這時(shí)，園子突然打來(lái)電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂隊(duì)的標(biāo)志正是釘子，于是一行人又來(lái)到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個(gè)身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對(duì)面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？

東西南北四個(gè)代表簡(jiǎn)單做了自我介紹以后，就各自回房休息，吃飯的時(shí)候卻發(fā)現(xiàn)導(dǎo)播被人綁在形如密室的房間內(nèi)，所幸生命沒有受到威脅，就在大伙兒忙著尋找線索時(shí)，照顧他們起居的甲谷突然說(shuō)這是比賽的第一題，北部代表越水七規(guī)承諾一小時(shí)之后就能重現(xiàn)密室手法，等待期間南部代表時(shí)津潤(rùn)哉說(shuō)起了一年前的薰衣草殺人事件。時(shí)間一點(diǎn)點(diǎn)過(guò)去，越水遲遲不現(xiàn)身，待大家趕到時(shí)，他已死在了密室中。

柯南認(rèn)為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時(shí)，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當(dāng)他趕到與浦生良造初次見面的餐館時(shí)碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來(lái)的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰(shuí)，面對(duì)真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？