日賣電視臺的特別節(jié)目《全國小島先生選手權(quán)大賽》即將開始，冠軍將會贏得一千萬元的獎金和一幅價值不菲的水墨畫軸，幸運的是元太的父親經(jīng)過層層篩選獲得了參加決賽的資格，然而，就在比賽開始之前，主辦者小島權(quán)作不知被誰推下了樓梯因而導(dǎo)致死亡，其中能夠使用這個樓梯的人就只有進入決賽的三名小島先生，元太的父親也成為了嫌疑人之一，問題的關(guān)鍵是到底誰才是元太的爸爸？

連續(xù)三年都會在生日時會收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會能夠順利舉行而邀請毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現(xiàn)屋子里有著眾多的時鐘，而對于時鐘的準(zhǔn)時性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來，沒過一會，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場找到玻璃球的柯南等人也趕來宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動，這時，養(yǎng)子知晃說起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進行查看，沒想到魔犬再次出現(xiàn)。

小五郎受東山先生之邀來到獵戶座企劃公司，沒想到在這里打電話聯(lián)系東山先生的時候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調(diào)查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當(dāng)時在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場證明。之后，隨警方來到高幡辦公室的柯南在這里發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵線索，即使案件多么錯綜復(fù)雜但真相只有一個！

妖怪倉庫是把貴重的物品放進里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機關(guān)的猜想被光彥等人否認，難道妖怪倉庫真的存在？