這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說(shuō)說(shuō)英理前來(lái)拜托希望在她出門(mén)的這段時(shí)間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個(gè)自稱為桐下的男人來(lái)到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來(lái)的手機(jī)短信。因?yàn)槎绦诺膬?nèi)容像是什么暗號(hào)，桐下無(wú)法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)的意義。

小五郎，柯南，小蘭出席完婚禮后，在走廊碰見(jiàn)新郎打扮的高木刑警和新娘打扮的由美。其實(shí)，兩人是被強(qiáng)盜當(dāng)作目標(biāo)的新娘和新郎的替身。據(jù)說(shuō)半年前，強(qiáng)盜潛入新娘的娘家，被新郎趕走的強(qiáng)盜在逃跑時(shí)留下了絕對(duì)不能忘記這份仇恨的恐嚇。從被留下的菜刀驗(yàn)出的指紋與連奪6條人命的連續(xù)盜竊殺人案罪犯的指紋相吻合，而在前天充滿恐嚇意思的威脅信被人放入了新娘家的信箱里。

小蘭開(kāi)始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機(jī)的小蘭，想用發(fā)送手機(jī)郵件的方法來(lái)確認(rèn)真相。當(dāng)小蘭按下了電源開(kāi)關(guān),卻出現(xiàn)手機(jī)解鎖的畫(huà)面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時(shí)，小蘭回想起半年前與新一的約會(huì)并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒(méi)有發(fā)送到柯南的手機(jī)上，而這時(shí)新一也打來(lái)了詢問(wèn)的電話，最終小蘭打消了對(duì)柯南的懷疑。

公演不能終止，可是主演蓮華卻還是沒(méi)有下落，情況緊急，小蘭自告奮勇決定暫時(shí)擔(dān)任輝夜姬一角。于是，少年偵探隊(duì)出動(dòng)，他們和玉之助一起幫忙找人，期間還遇到為給歹徒送錢(qián)而被打昏的片岡秘書(shū)大貫，面對(duì)人財(cái)兩空的狀況，柯南能否找到蓮華？《竹取物語(yǔ)》又能否完美謝幕？

為了謹(jǐn)慎起見(jiàn)，佐藤拜托目暮警官分別派人監(jiān)視這三個(gè)可疑人士，就在大家擔(dān)心浩太，而不知如何是好時(shí)，浩太居然從外面回來(lái)了，看著平安無(wú)事的浩太，大伙兒懸著心終于放下了，可是人質(zhì)雖然回來(lái)，還是不知道犯人是誰(shuí)，佐藤主張一查到底，可將史卻不愿再追究下去，這時(shí)，高木警官注意到了腳底濕漉漉的浩太，詢問(wèn)之后，他便一人沖了出去……