小五郎受邀來到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長仁地村被人綁架的畫面。社長的妻子兼副社長沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車解救人質(zhì)，就在電車開往中戶呂鐵橋的時候，沙希按照指示將包包從窗戶丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時，贖金已經(jīng)被犯人拿走，而社長仁地村也被殺害。雖然事情已經(jīng)結(jié)束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場進行調(diào)查，并發(fā)現(xiàn)……

在鈴木財團的支持下龍馬展的保全措施做的非常好，而柯南在廁所思考之前遺失的龍馬遺物的時候基德忽然出現(xiàn)！柯南追著基德來到展館內(nèi)部的時候發(fā)現(xiàn)園子的袖子上粘到了奇怪奇怪的東西，而柯南也發(fā)現(xiàn)了基德所謂下雨的真實含義。基德按照約定來到了展館內(nèi)而樽見利用假的被盜信息來出售贗品的事實也最終曝光。

柯南和小蘭在東都環(huán)狀線列車上遇見了一位見義勇為的老人，然而，沒想到當他們再次見面時卻是在殺人現(xiàn)場，死者是詐騙集團的通緝犯，而這位名叫法月的老人正是此案的目擊證人，他說自己曾看到同是詐騙犯的桐谷出沒案發(fā)現(xiàn)場，但桐谷卻大喊冤屈，期間，柯南察覺到老先生法月的證詞有疑點，深入調(diào)查后，真相果然如他料想一般。

這兩人竟然是長野縣警官上原由衣和大和敢助，他們此次前來的目的是讓柯南和小五郎幫忙破解沾滿鮮血的赤壁之謎！于是一行人來到案發(fā)的希望之館，這里曾經(jīng)住著六個很有才華的年輕人，自從三年前一名女性小葵心臟病發(fā)去世之后，她的丈夫明石周作就獨自一人留在館內(nèi)生活，可是他卻被人鎖在館內(nèi)的屋中活活餓死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡訊息，這時，大和警官的死對頭諸伏高明警官也來到館內(nèi)進行調(diào)查。

灰原要求查看電視臺在黑暗中拍攝的影像，然而除了電流被切斷的聲音和風聲并沒發(fā)現(xiàn)有任何異樣，就在案件找不到頭緒時，大人們便開始互相懷疑，這時，柯南蘇醒過來，但是他讓元太他們對此事暫時保密，根據(jù)基德在臺座上貼的卡片，柯南知道了右衛(wèi)門刻在柱子上的話以及基德的真身，他讓少年偵探團戳穿他的身份，這一次基德能否成功脫身？