自稱宇智波信的敵人左臂里埋入了復數的寫輪眼，這讓鳴人和佐助聯想到了大蛇丸，為了救回小櫻他們決定前往大蛇丸的基地。在大蛇丸的基地里佐良娜看到了和爸爸合照的鷹小隊成員，她私下詢問水月關于香燐的事情，并稱香燐可能是自己的親生母親，多事的水月拿出香燐留下的臍帶樣本比對DNA，沒想到竟與佐良娜的DNA完全吻合。

木葉的少年忍者們都在父親的教導下練習忍術，這讓沒見過自己父親幾面的佐良娜心里很不是滋味，就連常做蠢事被鳴人追著到處跑的博人也足夠讓她羨慕。積壓已久的情緒終于爆發了，她詢問母親關于父親佐助的事情，但小櫻模棱兩可的回答并沒有說服她。一次偶然的契機佐良娜看到了佐助與鷹小隊成員的合照，照片中出現的女人讓她開始懷疑自己的身世。

尸澄真等人拿到忍刀后準備組建新的忍刀七人眾引發革命，長十郎得知后準備肅清他們，如果有必要的話神樂也難逃一劫。博人說服長十郎準備私下解決這次的叛亂，他打算把事態控制到小鬼打群架的程度，沒有更好辦法的長十郎決定陪博人和佐良娜一起行動，而其他同伴也偷偷跟了上去，但持有忍刀的尸澄真一行并沒有那么好對付。

博人拜師佐助受挫后找到了片助，在研究所他得到了一個科學忍具，利用科學忍具他在佐助面前使出了完美的螺旋丸，佐助雖然看破但卻沒有說出來。尋求查克拉的大筒木一族已經開始了行動，金式和桃式首先找到了八尾人力柱奇拉比。與此同時，中忍考試即將開始，博人和同伴們都在積極的準備。

金庫的寶石一顆不剩全被盜走，博人等人解決的事件正是白夜團用來轉移注意力的佯攻，自稱義賊的白夜團在各個村子興風作浪，但卻從來沒有留下作案痕跡。佐良娜通過金庫前冰結的鮮花推斷對方是會使用冰盾的忍者，他們通過這點著手展開了調查，掌握到白夜團的行蹤的博人一行也看到了被白夜團幫助的村民，眼前的一切讓博人不知該如何來衡量善惡。