在警方對(duì)三名嫌疑人進(jìn)行偵訊時(shí)，他們?nèi)朔炊嗷ブ肛?zé)并揭露對(duì)方的犯案動(dòng)機(jī)，這時(shí)，有人在更衣室內(nèi)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)空瓶子，另外在湖面上還有漂浮的火柴棒，為了弄清真相，警方又找來工作人員進(jìn)行對(duì)峙，然而，他們卻表示并未發(fā)現(xiàn)異樣，期間，女主演深汐的一句話點(diǎn)醒了柯南，在他的引導(dǎo)下，大家得知一整夜都呆在溫泉里的人并不是兇手而是死者本人，那么，兇手到底是誰？在他的身上又有怎樣的關(guān)鍵性證據(jù)？

就在萬由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫著“要知道真相就一個(gè)人來”的信息！而就在柯南追過來之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬由美之前曾來過這里。晚上萬由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來。

大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來找一個(gè)叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

在參加大學(xué)校慶的柯南和小蘭等人遇到了殺人事件，就在警官要判定為自殺事件的時(shí)候，在柯南的引導(dǎo)下警方判斷此次為他殺事件。而安菜在小蘭她們進(jìn)來之前已經(jīng)死亡，但此時(shí)如何讓桌子擺動(dòng)的事情成為了破案的關(guān)鍵，而表演時(shí)站在安菜周圍的三人成了重點(diǎn)懷疑對(duì)象。經(jīng)過對(duì)現(xiàn)場(chǎng)的調(diào)查柯南很快發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法和犯人的身份，在確鑿的證據(jù)面前犯人最終承認(rèn)了罪行，并說出了殺死安菜的理由。