17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國(guó)資本家阿曼達(dá)，柯南和灰原推測(cè)這是組織所為，但羽田浩司遇害時(shí)的房間卻不像是組織的一貫風(fēng)格。地產(chǎn)公司社長(zhǎng)被害時(shí)手里拿著阿笠博士發(fā)明的剪刀，目暮警官請(qǐng)阿笠博士來(lái)說(shuō)明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。

受宿里村村長(zhǎng)之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過(guò)與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過(guò)塌方事故，其中一位外國(guó)挖掘隊(duì)員在彌留之際寫(xiě)下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說(shuō)中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門(mén)前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過(guò)程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

柳龍和蕭塵宇找到唐三和小舞，柳龍對(duì)唐三出言不遜，唐三使出控鶴擒龍的絕招襲擊柳龍，他疼地大呼小叫，蕭塵宇假惺惺向小舞賠罪，要把小舞帶回去當(dāng)寵物兔養(yǎng)，小舞剛想發(fā)作，唐三急忙攔住她。蕭塵宇逼唐三把小舞交出來(lái)，然后加入他的武社，唐三斷然拒絕，蕭塵宇下令活捉那只幼小的斑斕貓，沒(méi)等柳龍出手，唐三炮突然出現(xiàn)，后面緊跟一條曼陀羅蛇，把蕭塵宇和身邊的侍衛(wèi)打得七零八落，小舞趁機(jī)攙著唐三逃走。玉小剛突然出現(xiàn)，讓唐三和小舞跟緊他，以免再遇到麻煩，小舞一心想回去救那只受傷的斑斕貓，玉小剛勸她趁早死心，他發(fā)現(xiàn)斑斕貓被曼陀羅蛇咬傷，就順著痕跡找到蛇的巢穴，讓唐三炮把蛇激怒，引到了蕭塵宇他們身邊，才讓唐三和小舞得以脫身。玉小剛覺(jué)得這條曼陀羅蛇很適合唐三，讓他把蛇殺死吸取魂環(huán)，小舞提出質(zhì)疑，唐三對(duì)玉小剛深信不疑。玉小剛想等蕭塵宇和蛇兩敗俱傷的時(shí)候出手，蕭塵宇和柳龍漸漸不敵，他們嚇得落荒而逃，曼陀羅蛇突然襲擊了玉小剛，玉小剛讓唐三出手殺蛇，唐三上下翻飛，使出暗器鐵釘襲擊蛇，結(jié)果被打翻在地，唐三使用紫金魔瞳刺瞎蛇的眼睛，然后再用鐵釘刺穿了蛇的喉嚨，曼陀羅蛇應(yīng)聲倒地死亡，頭頂上現(xiàn)出黃色的魂環(huán)，唐三知道這條蛇至少有400年的法

唐三帶著小舞急匆匆趕回學(xué)苑，準(zhǔn)備參加下午的魂師會(huì)長(zhǎng)競(jìng)選大會(huì)，小舞信心滿滿，沒(méi)想到競(jìng)選大會(huì)早已經(jīng)結(jié)束了，蕭塵宇仗著人多勢(shì)眾當(dāng)選了魂師會(huì)會(huì)長(zhǎng)，還給附課生準(zhǔn)備了一份課程表，上午干活，下午還要工作，不但沒(méi)有時(shí)間上課，就連魂力訓(xùn)練也不能參加，根本不可能提升武魂，蕭塵宇擺明就是針對(duì)唐三和小舞，王圣忍不住替唐三打抱不平，勸他們倆趁早逃走，因?yàn)橹Z丁城和學(xué)苑都是蕭氏家族的。唐三無(wú)意中發(fā)現(xiàn)城主府的魂師凌風(fēng)派人抬著一個(gè)笨重的鐵籠子來(lái)到學(xué)苑，柳龍把他們帶到后院一間空房子里。唐三滿腹疑慮，就用意念召喚藍(lán)銀草，想進(jìn)去一看究竟，可唐三連試了幾次都不成功，他穩(wěn)定心神讓自己靜下心來(lái)，藍(lán)銀草越長(zhǎng)越大，他借助藤蔓爬上房頂，看到鐵籠子里是一只幽冥狼，那是凌風(fēng)抓來(lái)的，蕭塵宇拔劍殺死了這只狼，鐵籠子上方出現(xiàn)一圈白色的魂環(huán)，蕭塵宇把魂環(huán)緊緊握在手心里，他瞬間成為真正的魂師，揚(yáng)言要和唐三決一死戰(zhàn)。唐三連夜去找玉小剛請(qǐng)教，玉小剛勸他趁早放棄，蕭塵宇想要的是小舞，唐三不服氣，玉小剛答應(yīng)幫他獲得魂環(huán)，讓他今晚準(zhǔn)時(shí)來(lái)見(jiàn)面。深夜時(shí)分，唐三看到小舞已經(jīng)熟睡，就匆匆趕來(lái)見(jiàn)玉小剛，玉小剛要帶他去獵獸森林打魂獸得魂環(huán)，可是需要武魂殿的通關(guān)手令才能進(jìn)森

平次參加了全國(guó)高中生劍道大賽，他在個(gè)人賽中獲得了優(yōu)異的成績(jī)，他決心打敗對(duì)手沖田然后向和葉告白。但是事情進(jìn)展的并不順利，中場(chǎng)休息時(shí)場(chǎng)外發(fā)生了一起兇殺案。裁判拔谷士道在室外廁所旁被殺害，兇手穿著京都泉心高中的劍道護(hù)具，現(xiàn)場(chǎng)沒(méi)有目擊者，只有一位雙目失明的老人聽(tīng)到了聲響。