差點被警察發(fā)現(xiàn)的柯南和大嶺及時被阿笠博士帶走，之后小五郎也趕到阿笠博士家，聽完柯南的分析，大家決定先找到大嶺當(dāng)時所使用的空包彈手槍，被柯南找到的手槍成為了大嶺洗清嫌疑的關(guān)鍵證據(jù)，接下來就是尋找將罪名嫁禍給大嶺的真兇，柯南再次前往遭到槍襲的地下室，并在這里發(fā)現(xiàn)了兇手留下的線索，為了讓兇手自己露出馬腳，柯南計劃了一出好戲……

前往海邊釣魚的柯南等人，在和代替阿笠博士來迎接他們的沖矢昴一起回去的路上，順道去了有著神奇?zhèn)髡f的一角巖參觀，在這里大伙兒看到巖石上面刻著“青魚、鯉魚、鯛魚和比目魚”四種魚名并且還發(fā)現(xiàn)了一名身穿潛水服的女性遺體，雖然狀似意外脫水而亡但這卻瞞不過柯南的眼睛，根據(jù)口紅和調(diào)節(jié)器他推斷出這是一起殺人事件。

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個周日的12：28所購買的物品，但專柜的銷售員卻不記得購買人的長相，與此同時，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開始躁動的時候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……

某天小五郎突然接到了出演節(jié)目的邀請，而帶著小五郎和柯南來到電視臺休息室的小五郎卻沒有見到作為答題嘉賓的洋子小姐。在拜訪堺校長的時候小五郎他們遇到了同樣來找堺校長的君島。君島帶來了自己的清朝瓷器藏品來希望能夠讓本間老師來鑒定。而就在彩排時君島突然發(fā)現(xiàn)自己的藏品不見了！而柯南則推理出犯人仍然將花瓶留在電視臺！

妖怪倉庫是把貴重的物品放進里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機關(guān)的猜想被光彥等人否認，難道妖怪倉庫真的存在？