唐三放心不下父親唐昊，知道他是因為思念死去的妻子三妹才日日借酒澆愁，唐昊借口回來拿那根針，和唐昊依依惜別，唐昊答應以后不再喝酒，對唐三千叮嚀萬囑咐，唐三發誓要做最厲害的魂師，希望學成歸來唐昊能把母親的事全部告訴他。村長帶著唐三很快來到諾丁魂師學苑，自稱大師的玉小剛在門口悠然自得看書，他檢驗了唐三的武魂就放行，學員柳龍卻攔住了唐三，對他冷嘲熱諷一番，逼他拿出推薦信，唐三沒有推薦信，素云濤事先給了他一塊武魂殿的推薦令，讓他直接來學苑當附課生，而且學費和食宿全免，柳龍對唐三出言不遜，要把村長趕走。蕭塵宇及時趕來為唐三解圍，他是諾丁城城主的兒子，是唐三的同門，熱情歡迎他入學，還幫他安排好宿舍，村長才放心離開了。蕭塵宇聽說唐三是武魂殿推薦的，斷定他的武魂是很特別的，唐三承認是藍銀草，柳龍對這個廢武魂嗤之以鼻，唐三自詡天生滿武魂，蕭塵宇和柳龍立刻驚呆了，斗羅大陸上很少有人擁有天生滿武魂。玉小剛立刻追上唐三，根據他的研究推測唐三應該不止一個武魂，所以他苦苦追問唐三的另一個武魂，唐三想起父親的囑托，他找各種借口掩飾，玉小剛知道他在說謊，也沒有多問，就帶他去辦入學禮，還簡單介紹了學苑的情況，玉小剛讓唐三

根據死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時他發現還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來了三名有作案嫌疑的游客，經過秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時他也意識到，世良可能已經知曉自己的真實身份。

鈴木集團舉辦的熱氣球大賽引來了很多參賽選手，冠軍獎金高達1000萬日元，蟬聯兩屆冠軍的水口先生今年帶著太太一起參加了比賽，賽前他和奧田先生發生了爭執。比賽中，奧田先生撞上了水口先生的熱氣球，在墜落過程中水口太太墜落身亡，發生的這一切看似只是一場事故，但柯南卻從熱氣球的殘骸中看出了端倪。

少年偵探團的理科自由研究作業是拍攝鎮子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點。爭吵過后岳美負氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發現山下的岳美小姐倒在了血泊中。

小五郎讓柯南和小蘭陪他一起去位于大分的別府溫泉旅行，說到別府溫泉最有名的莫過于地獄巡游之旅，就在小蘭和柯南興致勃勃討論的時候小五郎卻在一旁默不作聲。在柯南和小蘭的逼問下小五郎才說出了實情，這次的旅行目的是尋找仲代電氣社長的女兒麻奈美，柯南根據照片找到了麻奈美所住的旅館，但這僅僅只是開始。