打算盜取鈴木財閥家的黑珍珠BLACK STAR的怪盜基德，想起了以前關于鐘臺的一個事件，那是工藤新一和怪盜基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事務所里收到一封附有支票的不明發信人的信函，并且在其上方還有一行奇怪的話語。

高木剛說完十八年的搶匪就在佐藤正義警官的四位老友之中后，便突然失去了音訊，按照柯南的建議，佐藤警官急忙趕到他們四人所去的酒屋，卻發現他們早已離開，根據老板的供詞柯南推理出了誰是當年的歹徒，他告訴佐藤后，讓她自己去了結這宗案件。另一邊，步美等人私自跟蹤縱火犯遇到危險，幸虧柯南及時趕到才得以獲救，而這名縱火犯也被警方逮捕。

少年偵探團在公園看到了可疑的男人。他們知道那個男人是為了向綁架燕秋夫的犯人交贖金的之后，來到了燕宅。原來燕財閥的孫子秋夫被人綁架了。在看了秋夫的畫之后柯南發現秋夫有留下畫畫地方特征的習慣，尋找秋夫畫里留下的訊息成了關鍵所在。在少年偵探團的各位的齊心協力下終于找到綁架秋夫的嫌疑犯的地方并成功救出了秋夫。

柯南得知了整個案件的真相之后，將小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到廚房，他首先請出了這起案件的關鍵——三郎，就在大家疑惑時，屋子里又出現了一只和三郎一樣的狗，柯南道出了連老板娘都不知道的隱情……解釋清楚三郎的事情后，接下來就是戳穿兇手，揭示真相的時刻，兇手根本就不是森林里帶黑色針織帽子的男子，相反的她就在這間旅店中，沒錯，兇手就是……

倒在浴室的薰被送到醫院。因為找不到殺害她時所使用的兇器而被認為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發現是內部人所為。在獨自調查現場的時候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南單獨面對犯人說出自己的推理，犯人在證據面前承認了自己的罪行，因為愧疚之前便已經決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來而熏也搶救成功渡過危險。