小蘭和園子去東都銀行取錢的時候，碰上了搶銀行的歹徒，他用槍威脅銀行職員谷口將現(xiàn)金裝入背包，趁歹徒放松警惕，蘇醒過來的銀行職員前島正要從背后攻擊的時候，電話鈴聲突然想起，前島被射傷，此時，銀行一片惶恐，谷口沖上去撲倒歹徒將他擊斃。當警察趕到時，柯南注意到了電話鈴聲，他認為此事并非單純的搶劫案，而是另有內(nèi)幕。

就在警察要強行帶走小五郎時，柯南在機械室和浜田的尸體上發(fā)現(xiàn)的有力證據(jù)幫他洗清了嫌疑，而目前最有可能殺人的就是上原，當大家要暗中逮捕上原時，木下出面說自己去勸他自首，五分鐘后，屋內(nèi)響起槍聲，上原射傷木下逃跑。柯南重新回到竜神號調(diào)查并和鈴一起進入海軍山洞，卻在這里發(fā)現(xiàn)上原的尸體……

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學，并結(jié)識了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來到毛利偵探事務所，說總感覺有人暗中監(jiān)視她，為了更進一步了解真相，毛利一行人來到洋子住處，可開門后居然有具死尸橫在門口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰才是真正的兇手。

打棒球時，元太不小心傷到一名流浪畫家，送到醫(yī)院檢查才知道他失去了記憶，后來畫家悄悄離開。幾日后，畫家的尸體被發(fā)現(xiàn)，為調(diào)查真相，少年偵探團出動，他們按照畫家的素描找到了一戶叫早瀨的家中，主人熱情招待這群孩子，柯南留意到這位夫人丈夫的遺像和死者很相像，進一步調(diào)查后，他將銀杏、窗戶、燒焦的痕跡、帶眼鏡的被害者、墻壁上的畫串聯(lián)起來，沒錯！兇手就是她。

小蘭的同學直子被綁架，當歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時，便放棄交易開車沖進海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來到交易場所，見到了所謂的「歹徒」。