妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時(shí)，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

游戲公司社長的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購物中心劫持一名少女作為人質(zhì)正打算逃跑時(shí)，被柯南發(fā)現(xiàn)，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質(zhì)，大嶺驅(qū)車擺脫了警方的追擊，帶柯南來到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開始懷疑這個(gè)為自己負(fù)傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內(nèi)幕！

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開詢問，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

法庭的對決Ⅳ 陪審員 小林澄子(下集)妃英理按照柯南的要求向被告人巖松詢問了房間里消失花瓶的事情，巖松說他當(dāng)時(shí)確實(shí)看到了花瓶，事情如柯南料想一般，就在這時(shí)，九條檢查官打來電話說已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了兇器，面對突然出現(xiàn)的越來越多的不利證據(jù)，柯南決定幫助妃英理，他讓元太等人打探出女傭和花瓶的事情，得到證實(shí)后，他又和小五郎暗中蹲守，終于掌握了決定性證據(jù)。開庭當(dāng)天，柯南將小五郎麻醉，道出了事情的真相。

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來找一個(gè)叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。