平松正樹(shù)刺殺了社長(zhǎng)梅谷四朗，在乘車(chē)逃走的中途墜下懸崖死亡。警方判斷為事故，柯南卻確信此為殺人事件。看到梅谷被平松刺殺時(shí)的錄像帶后的柯南發(fā)覺(jué)了某種奇妙的違和感，在調(diào)查停車(chē)場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)了一些奇怪的痕跡后解明了事件真相。在“沉睡的小五郎”的推理中犯人最終承認(rèn)了罪行。

少年偵探隊(duì)為了看電影假面劍客的試映會(huì)，在有希子的帶領(lǐng)下來(lái)到東都現(xiàn)象所，可是由于某些原因，預(yù)定的試映時(shí)間必須向后延長(zhǎng)，而有希子又要趕搭飛機(jī)先行離開(kāi)，因此柯南等人就暫時(shí)留宿穗島先生家，沒(méi)想到的是在客廳沙發(fā)上睡覺(jué)的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當(dāng)場(chǎng)身亡。

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉(cāng)先生被人襲擊了。永倉(cāng)先生雖然沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰(shuí)卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來(lái)的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺(jué)這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見(jiàn)犯人要乘坐輕型卡車(chē)逃走，便潛入卡車(chē)跟蹤并聽(tīng)見(jiàn)挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪(fǎng)卡車(chē)的所有方的倉(cāng)田運(yùn)輸，開(kāi)始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒(méi)有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時(shí)兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

懷疑小蘭的高中英語(yǔ)教師朱蒂是黑衣組織的成員而拜訪(fǎng)公寓的服部平次與柯南，遇上朱蒂隔壁房間的主人高井墜樓摔死的案件。確信密室狀態(tài)的臥室從窗戶(hù)墜落的高井不是自殺而是他殺的兩人，在臥室調(diào)查中的平次接到和葉從大版打來(lái)的電話(huà)而明白犯罪手段的平次加上高井留下的證據(jù)。兩人向目暮警官建議在臥室重現(xiàn)案發(fā)。