學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒請假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長問及此事時，大家也都避而不語，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級里突然出現(xiàn)的十幾個黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個。

金恩離開酒窖后，躲在煙囪中的灰原則依靠她變大的身體，爬到屋頂，然而剛給博士報完平安，她的身后就響起了槍聲，原來在酒窖里的時候金恩就發(fā)現(xiàn)了她。而另一邊，柯南也得知了殺害吞口重彥的兇手，也就是代號匹斯可的真實(shí)身份，在調(diào)查清楚灰原所在的位置后，柯南飛速趕到，就在金恩準(zhǔn)備射殺灰原時，柯南向金恩發(fā)射了一枚麻醉針，灰原趁機(jī)從煙囪返回酒窖，豈料待她蘇醒過來匹斯可已出現(xiàn)在她的面前……

土屋益子雖然被認(rèn)為是因?yàn)榇蚱屏司沼倚l(wèi)門的新作“風(fēng)水丸”而內(nèi)疚自盡的，但柯南在看到現(xiàn)場的血跡時發(fā)現(xiàn)了不正常的地方，最終確定這是一起殺人事件并推理出了犯人的犯罪手法和兇手的身份。而在鐵證面前兇手也最終承認(rèn)了罪行，坦白了因不愿意益子繼續(xù)將自己的作品作為師父的作品來欺騙他人而殺人的事實(shí)。

在醫(yī)院醒過來的小蘭看到麻美平安無事便和園子一起出去買東西，但等她們回來之后卻發(fā)現(xiàn)麻美不見了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問現(xiàn)場狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢問當(dāng)時他們買東西的場景，在老板指出有一人行動奇怪后，柯南便知道了放火就是那個人！

柯南向大家分析兇手是有目的的要?dú)⒛硞€人，這時，警察說他們在木柴那里找到了一盒磁帶和包有雨衣的兇器，聽過磁帶之后，柯南揭穿了想要?dú)⑺懒x房的兇手敬子，但當(dāng)問及真知子的死亡時，敬子卻矢口否認(rèn)，柯南說兇手確實(shí)不是敬子而是另有其人，還沒待他講完案件，那個鬼鬼祟祟的墨鏡男出現(xiàn)了，他居然是……