半年前毛利小五郎去杯戶北町工作時(shí)，碰巧遇到了一起事件。名為桐崎禮美的女性被發(fā)現(xiàn)吊死在自己的公寓中，因?yàn)榉繓|和桐崎的鄰居惠小姐都能證明她有自殺的傾向，外加她還留有一封遺書，所以事件被當(dāng)做自殺處理。桐崎的死讓惠小姐非常自責(zé)，而小五郎的話讓她重新振作了起來，為了感謝小五郎才有了今天的約會(huì)，但在約會(huì)中柯南卻看出那起案件的隱情。

若狹老師不慎將話劇演出要用的屏風(fēng)弄臟，柯南一行跟著若狹老師回到公寓幫忙重畫，完工后隔壁房間傳來了噪音，元太和柯南前去抗議時(shí)遇到了新的案件。死者是一名模特，而她的男友是有名的高爾夫運(yùn)動(dòng)員，若狹老師在早上聽到了兩人的爭吵，而柯南已經(jīng)確定了誰是兇手，現(xiàn)在只差找到關(guān)鍵的證據(jù)。

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動(dòng)圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……

受宿里村村長之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過塌方事故，其中一位外國挖掘隊(duì)員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

為了紀(jì)念戰(zhàn)國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。