小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見(jiàn)了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽(tīng)到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開(kāi)新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車(chē)廂后，柯南對(duì)車(chē)廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

少年偵探團(tuán)在海灘度假的時(shí)候，偶然認(rèn)識(shí)了春日財(cái)團(tuán)的大少爺和他的女朋友小忍。元太玩球時(shí)撿到了小忍發(fā)出的SOS求救漂流瓶，順著漂流瓶的方向，他們?cè)谝粋€(gè)洞窟找到小忍，原來(lái)這都是春日的安排，眼看海水滿(mǎn)潮，無(wú)法原路返回，大家在柯南的指揮下順利從洞穴另一邊逃出，看到小忍還活著，春日露出丑惡嘴臉以步美為人質(zhì)，關(guān)鍵時(shí)候小蘭趕來(lái)，將春日制服。

來(lái)到第4個(gè)房間，日期顯示的是小五郎策劃的一次婚禮的時(shí)間。這天，小五郎的朋友本木結(jié)婚，由小五郎策劃婚禮。新一被小五郎“聘用”為助理。新一在“工作”中發(fā)現(xiàn)本木與一個(gè)叫做娜娜的女生有外遇。在婚禮現(xiàn)場(chǎng)，新人收到了一個(gè)名為“偷吃我就殺了你”的祝福郵件，新一能保護(hù)好大家嗎？

米花博物館將要舉辦珠寶展，園子家的「黑暗星辰」也要參展，可在此之前，園子家收到了一封來(lái)自怪盜基德的盜取通知信，柯南解開(kāi)通知信的暗號(hào)后來(lái)到杯戶(hù)市立飯店屋頂，基德在月色中憑空到來(lái)，將警方內(nèi)部搞的一團(tuán)糟后，順利逃跑，并留下通知信說(shuō)他定會(huì)盜走「黑暗星辰」。宴會(huì)當(dāng)天，園子的母親給上船的每個(gè)人都發(fā)了一顆黑珍珠，混淆視聽(tīng)，可基德手法更高一籌，他偽裝成了鈴木會(huì)長(zhǎng)登上船只。

一群人為長(zhǎng)門(mén)會(huì)長(zhǎng)慶祝生日的時(shí)候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時(shí)大家在樓下的陽(yáng)臺(tái)上看到長(zhǎng)子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時(shí)，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書(shū)，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。