原來(lái)幸田把從寶石店里偷來(lái)的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過(guò)來(lái)時(shí)幸田稱(chēng)寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開(kāi)整個(gè)院子。但警察在挖掘后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團(tuán)的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實(shí)和藏尸的地點(diǎn)。在少年偵探團(tuán)們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說(shuō)明了早苗鎖在的地點(diǎn)。

金恩離開(kāi)酒窖后，躲在煙囪中的灰原則依靠她變大的身體，爬到屋頂，然而剛給博士報(bào)完平安，她的身后就響起了槍聲，原來(lái)在酒窖里的時(shí)候金恩就發(fā)現(xiàn)了她。而另一邊，柯南也得知了殺害吞口重彥的兇手，也就是代號(hào)匹斯可的真實(shí)身份，在調(diào)查清楚灰原所在的位置后，柯南飛速趕到，就在金恩準(zhǔn)備射殺灰原時(shí)，柯南向金恩發(fā)射了一枚麻醉針，灰原趁機(jī)從煙囪返回酒窖，豈料待她蘇醒過(guò)來(lái)匹斯可已出現(xiàn)在她的面前……

阿笠博士帶少年偵探團(tuán)到野外去露營(yíng)，可卻在回程的途中在森林里迷路，誤打誤撞來(lái)到了一個(gè)被森林環(huán)繞的古堡，所幸主人很熱情的邀請(qǐng)大家入住古堡，然而住在里面的間宮家族好像隱藏這什么秘密，之后，柯南在房間的密室里發(fā)現(xiàn)一具骷髏，就在這時(shí)，有人從背后將他打暈。

柯南的班級(jí)轉(zhuǎn)來(lái)了一個(gè)叫灰原哀的女生，而同一天少年偵探隊(duì)也收到了同校俊野幫忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了一張夏目漱石的肖像畫(huà)，俊野說(shuō)曾有一個(gè)黑衣女人很賞識(shí)這幅畫(huà)，聽(tīng)到這些，柯南馬上聯(lián)想到了黑衣組織，便急忙帶領(lǐng)偵探隊(duì)走街串巷的尋找線索，期間，在便利店遇到的一個(gè)使用假錢(qián)的男子引起他的注意，于是，一路尾隨，推理出了這名男子的去向。

破解密碼后，元康留下的線索居然是……案件解決之后，小蘭找借口把柯南帶到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，這時(shí)，工藤的母親有希子從美國(guó)回來(lái)，在她的幫助下，柯南逃過(guò)了小蘭的質(zhì)問(wèn)。 次日，有希子帶柯南來(lái)到鄉(xiāng)下，原來(lái)她是受兒時(shí)朋友廣美所托，來(lái)鑒別剛從巴西回來(lái)的叔父義房的「真假」，晚上，義房說(shuō)他早就知道大家的懷疑，并從身上拿出一封恐嚇信。