柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個(gè)別館的地下居然是一個(gè)巨大的迷宮，大家團(tuán)結(jié)一致將衣服拆開(kāi)，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時(shí)間只有三個(gè)小時(shí)，這時(shí)，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來(lái)，這時(shí)，時(shí)鐘不顧一切的沖向?qū)毑兀降资鞘裁慈耍?/p>

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買(mǎi)了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開(kāi)她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱(chēng)是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來(lái)到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開(kāi)始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無(wú)角牛，可是卻沒(méi)有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒(méi)想到這時(shí)卻……

小蘭開(kāi)始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機(jī)的小蘭，想用發(fā)送手機(jī)郵件的方法來(lái)確認(rèn)真相。當(dāng)小蘭按下了電源開(kāi)關(guān),卻出現(xiàn)手機(jī)解鎖的畫(huà)面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時(shí)，小蘭回想起半年前與新一的約會(huì)并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒(méi)有發(fā)送到柯南的手機(jī)上，而這時(shí)新一也打來(lái)了詢(xún)問(wèn)的電話，最終小蘭打消了對(duì)柯南的懷疑。

放學(xué)后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個(gè)陌生男子，他說(shuō)自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個(gè)男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認(rèn)為鸚鵡一定被這個(gè)男人調(diào)了包，便瞞著柯南在暗中展開(kāi)了調(diào)查，沒(méi)想到事實(shí)真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會(huì)有生命危險(xiǎn)？