小五郎帶著小蘭和柯南一起去美容院接妃英理吃飯的途中聽到了奇怪的聲音，停車后，他們發(fā)現(xiàn)格斗家永作司朗的尸體躺在垃圾堆中，警方立刻趕來(lái)調(diào)查，他們發(fā)現(xiàn)死者的脖頸部位有許多細(xì)小的毛發(fā),由此推斷永作司朗死亡之前可能在剪頭發(fā)，這時(shí)，給妃英理做頭發(fā)的美容家葉坂皆代說(shuō)自己曾和死者是戀人，于是一行人又到她的美容院查看，雖然她有殺人的動(dòng)機(jī)和嫌疑但與此同時(shí)她也有不在場(chǎng)的證明。

死者鍛吾是被人捆綁溺斃在泳池中而死，他的一只手上還戴有前管家的手套，作為父親的角藏認(rèn)為兇手就是這棟宅邸中的某個(gè)人，聞聽此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的結(jié)論，可是當(dāng)晚，角藏的房間里就傳出花瓶摔碎的聲音，當(dāng)大家趕到時(shí)，角藏已上吊身亡，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)高木警官發(fā)現(xiàn)疑似角藏所留下的死亡訊息。

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內(nèi)的死并非自殺而是經(jīng)過(guò)策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官?zèng)Q定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過(guò)程中，小五郎以辯方的特別證人出現(xiàn)，他不但說(shuō)明了竹內(nèi)夫婦早已名存實(shí)亡的婚姻，還將五年前竹內(nèi)違法建筑案的內(nèi)幕也說(shuō)了出來(lái)，然而最關(guān)鍵的竹內(nèi)死亡之謎還是由柯南道出真相！

FBI的所有警員立刻將送至各個(gè)病房的炸彈進(jìn)行回收，就在這時(shí)，水無(wú)憐奈出現(xiàn)在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無(wú)憐奈的病房，卻發(fā)現(xiàn)她好好的躺在那里，而這其實(shí)才是黑暗組織的目的，他們?cè)谡◤椛线€安裝了發(fā)訊器，這樣一來(lái)水無(wú)憐奈的位置一目了然。既然已經(jīng)暴露，那就只能立刻將她轉(zhuǎn)移，為混淆視聽，F(xiàn)BI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。