毛利偵探事務所來了三個委托人。要求調查失蹤的著名的系統工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發各自不同的軟件。小五郎根據三人發來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發現板倉已經死亡。在柯南的提示之下暮目警官發現了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

出席熊本網球大會的柯南他們，大會當日小蘭被誘拐。柯南回想小蘭電話中內容判斷出小蘭現在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機中接收到的兩條短信的內容后，知道內容來自倉庫。在救出小蘭之后眾人發現立川的目的。頒獎典禮上立川果然當中刺殺成增先生。在來苑子的說服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復仇之路。

因為歹徒在炸彈上裝了竊聽器，可以聽到他們的一舉一動，只要他們一逃走，歹徒就會馬上引爆炸彈，于是，柯南建議將炸彈拆除，期間，他突然想起了關于另外一枚炸彈的線索，便和高木警官稍作商量，為正在竊聽他們的歹徒演上一出戲，眼看炸彈上的時間一點點流逝，柯南和高木警官能否瞞過歹徒安全逃脫？而另一邊，目暮警官在天橋上將爆炸狂逮捕，他是如何得知歹徒的位置，又是根據什么推斷出另外一枚炸彈的位置呢？

警察雖然推斷巖夫是自殺，但柯南卻發現了眾多的疑點。而從尸體嘴里流血的事實，燈繩上可疑的繩結和小蘭的敘述中柯南最終推理出了犯人的犯罪手法。但是，就在柯南要揭露兇手的關鍵時刻卻因為感冒不能發聲了！沒有其他辦法，柯南通過不斷的比劃的猜謎來引導眾人來尋找兇手的線索，最終犯人的身份揭曉。而兇手也承認因為妻子的遇害而殺死被害者的事實。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之三)卸掉偽裝后，工藤新一出現在滿月之下，在眾賓客吃驚之余，他也開始了對整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集來的線索一步步的將真兇以及他的手法公之于眾，沒錯，兇手確實與小五郎一組，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂帶走，新出醫生便尾隨其后，車子一直開到碼頭，茱蒂下車揭露出他的真實身份，而這個人就是寄信給柯南和小五郎同時也是她殺父仇人的蓓摩特。