因?yàn)樯缴蠒r(shí)常有人白天生起營火的緣故，柯南并不能根據(jù)濃煙判斷小哀等人的位置，柯南現(xiàn)在急于找出兇手問出同伴的下落。火勢蔓延的很快，小哀迫于無奈只能吃下解藥帶著孩子們沖出了木屋，柯南已經(jīng)根據(jù)自己的推理找到了真正的兇手，但被光彥傳出去的影片將會(huì)帶給他們很大的麻煩。

園子中學(xué)時(shí)的好友矢內(nèi)小姐拜托小五郎幫她重新調(diào)查姐姐的自殺案件，而她也是這次事件的目擊者之一。被警方認(rèn)定為自殺案件的這起事件還存在著很多疑點(diǎn)，事發(fā)當(dāng)天正在商量明年創(chuàng)立祭的矢內(nèi)小姐和顧問児玉老師看到了受害人在模型社里自殺的一幕，第一個(gè)趕到現(xiàn)場的是受害人的未婚夫柴垣老師，而柯南在還原現(xiàn)場時(shí)看出了端倪。

通過大和警官對若松社長死訊的調(diào)查，已經(jīng)被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調(diào)查仰慕若松社長的人，一方面開始調(diào)查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標(biāo)鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒被檢查的社長夫人卻死在了自己的房間里。

來到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機(jī)密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時(shí)被步美打斷，藏有機(jī)密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽錯(cuò)到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現(xiàn)在丟失的不只是機(jī)密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

揭開暑假序幕的星期天，阿笠博士陪著少年偵探團(tuán)看完電影后往家趕，在電車上他們看到遠(yuǎn)方的樓頂上發(fā)生了命案，但到達(dá)現(xiàn)場后目擊墜落的時(shí)間卻是他們看到案情發(fā)生后的10分鐘。五層的建筑不可能墜落這么長時(shí)間，為了找出案情的真相柯南立即對案發(fā)的大樓展開了調(diào)查。