與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之五)柯南昏倒，茱蒂受傷，蓓摩特的槍口指向灰原，千鈞一發之刻，一直躲在后車廂的小蘭突然沖出來，緊緊抱著灰原，面對這種意想之外的狀況，蓓摩特想起了往事而不忍下手，趁她分神的時候，與茱蒂同屬FBI的赤井秀一出現，雖然保護了無辜的人，但蓓摩特卻以柯南為人質成功逃脫。途中柯南從昏睡中蘇醒，接下來就是柯南與蓓摩特的單獨對峙，他能否根據蓓摩特的電話找出黑暗組織的boss？

震撼警視廳 1200萬人質 (之一)佐藤警官回憶起了三年前發生的事情，當時她所在的搜查科來了一位叫松田陣平的警官，在目暮警官的要求下，她便常常和松田一起行動。某日，警局再次收到了連續三年都在這一天發來的傳真，看過內容后，松田不由分說的趕去摩天輪，并在那里發現了炸彈，為給四年前因炸彈而死的朋友荻原研二報仇，他只身犯險，卻不幸殉職。這時，柯南他們的聲音打斷了佐藤的回憶，一起吃飯的路上又遇到了高木和白鳥警官，豈料悲劇再度發生。

小五郎帶著小蘭和少年偵探團的孩子們來到被稱為地球遺產的人造木屋的集落·鬼澤鄉去觀光。這個村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們為了確認幽靈而出去散步的時候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對于步美的發現村子里的人卻極力否認，到底是幽靈少女還是真有其人？

就在警方和小五郎集中精力思考兇手是如何調換毛巾時，柯南卻重返飯桌，回憶當時自己為拿醬油和辣油轉旋轉桌面時的場景，這時他突然想到或許兇手根本就不是用有毒毛巾殺人的可能，在向鑒識人員確認了自己的想法后，兇手浮出水面，他讓所有人都按照案發時的位置做好，并重現當時的場景，而兇手卻在不知不覺間自己露出了馬腳。

小蘭去找新娘香取茜草時，卻發現休息室內空無一人，于是柯南和小蘭等人分頭行動。根據那張繡球花的照片，柯南在噴泉的雕像上找到了丟失的紅寶石戒指，可是茜草依舊不見蹤影，小蘭和園子在風車木屋附近找到了茜草的一只高跟鞋，便斷定她一定是被人綁架了，這時，時鐘響起柯南聽出了其中的怪異，便循著聲音找到了茜草，可茜草卻說真正有危險的是阿妙婆婆……