來到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實(shí)，而此時(shí)柯南喝下了回國(guó)用的解毒劑暫時(shí)以新一的身份出現(xiàn)！在繼續(xù)調(diào)查的過程中小蘭從以前新一說過的話中得到啟發(fā)發(fā)現(xiàn)了人偶的秘密。而之后通過與新一電話中發(fā)現(xiàn)了更多的線索。這時(shí)小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協(xié)助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫著的就是接下來的線索。

解決了暗號(hào)事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們?cè)谒褜さ倪^程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

這兩人竟然是長(zhǎng)野縣警官上原由衣和大和敢助，他們此次前來的目的是讓柯南和小五郎幫忙破解沾滿鮮血的赤壁之謎！于是一行人來到案發(fā)的希望之館，這里曾經(jīng)住著六個(gè)很有才華的年輕人，自從三年前一名女性小葵心臟病發(fā)去世之后，她的丈夫明石周作就獨(dú)自一人留在館內(nèi)生活，可是他卻被人鎖在館內(nèi)的屋中活活餓死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡訊息，這時(shí)，大和警官的死對(duì)頭諸伏高明警官也來到館內(nèi)進(jìn)行調(diào)查。

白鳥警官記憶中的少女小林老師在煙火大會(huì)的夜晚目擊了一場(chǎng)謀殺案件，作為證人的她向白鳥警官提供了三條線索即兇手和死者爭(zhēng)執(zhí)的聲音、疑似搬家公司的貨車以及兇手的背影，在警局接受偵訊的期間，小林老師無(wú)意中得知白鳥警官曾追求過和自己很像的佐藤警官，這個(gè)消息沉重打擊了小林老師，難道自己只是佐藤警官的替身？抱有這樣想法的她該如何面對(duì)白鳥警官。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)一起去參觀西田在家里建造的水族館時(shí)，遇到了旅行回來的西田的學(xué)生井村，他們用備用鑰匙進(jìn)了房子，沒想到光彥和元太竟然在廁所的浴缸里發(fā)現(xiàn)了西田的尸體，柯南注意到了死者脖子上的針孔、手指上的粘著劑、關(guān)閉的浴室電燈，并且還在步美的提醒下看到了水族箱里死去的蝦，這種種跡象表明西田是被人蓄意謀殺的，可是警察確認(rèn)為這是意外事件，就在他們準(zhǔn)備結(jié)案時(shí)，柯南說出了真相！