在園子的邀請下，柯南、小蘭隨她一起前往杯戶飯店享用“蛋糕吃到飽”，然而在搭公車的途中他們遇到了一位截拳道高手，這位與小蘭勢均力敵的對手到底是什么人？到了杯戶飯店后，得知蛋糕吃到飽餐廳已經(jīng)截止入場的小蘭和園子大失所望，這時，突然傳來尖叫聲，有一名男子從高處墜樓身亡，目擊人晝川表示樓頂有人影閃過，但當柯南趕到樓頂時卻只發(fā)現(xiàn)了外套和鞋子。

與這起密室殺人事件有關的三人都被問話，柯南對這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導，而在這場推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個悲傷的故事。

少年偵探團利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點是小蘭非常喜歡的甜點，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進來的社長竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號的社長急忙拜托調(diào)查。

經(jīng)過調(diào)查警方并未在拉面里發(fā)現(xiàn)毒物反應，反而在被害者的衣服內(nèi)側(cè)以及他隨身攜帶的物品中發(fā)現(xiàn)毒物，據(jù)拉面店老板說這也可能是西津打算逼走他們而準備放在拉面里的毒藥，不想?yún)s害死自己的意外事故，這種說法得到了目暮警官的認可，就在他準備以自殺或意外結(jié)案的時候，暗中觀察而看透真相的柯南將小五郎麻醉道出真相。

高木警官完全沒有向任何人告知行蹤便獨自出了遠門，在警視廳門前等待高木警官的少年偵探團們遲遲等不來人，這時一個男人交給了他們一個說是高木警官送來的包裹。佐藤警官打開包裹后發(fā)現(xiàn)里面放著一個平板電腦，按下電源后看到的竟然是身處于危險之中的高木警官，即便高木警官還保持著冷靜，但體力透支的他還能撐多久？