正在用餐的毛利突然接到了一通電話，而打來的人是曾近因?yàn)殂y行搶劫而被毛利逮捕的冰室，在電話中冰室說有一個(gè)人會(huì)因?yàn)槊廊ァＣc冰室沖突的一面被很多人目睹，而曾經(jīng)指正過冰室的沼尾不幸墜亡，毛利不光名聲受到了影響還間接為冰室做了不在場(chǎng)證明，看到整日酗酒的毛利后柯南準(zhǔn)備出場(chǎng)了。

來到熊本阿蘇火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盜取熊紋食品機(jī)密資料的犯罪嫌疑人試圖取回贖金時(shí)被步美打斷，藏有機(jī)密隨身碟的熊本熊玩偶陰差陽錯(cuò)到了小男孩賈斯丁手中，與賈斯丁有過一面之緣的柯南等人好不容易才找到了他的線索，但卻被犯人搶先了一步，現(xiàn)在丟失的不只是機(jī)密文件，連同賈斯丁也被綁架了。

紅色噴漆事件是近期發(fā)生的惡性連續(xù)破壞車輛案，沒想到千葉警官的車子也遭到毒手，接到報(bào)警電話和由美警官一起趕來的女警新人竟然就是千葉警官的初戀情人淼子，知道這些的柯南等人順?biāo)浦圩屒~和淼子一起調(diào)查此案，想要借此機(jī)會(huì)讓遲鈍的千葉回想起來，而在兩人調(diào)查的地下停車場(chǎng)內(nèi)卻發(fā)生了追撞事故，而這次事故似乎與紅色噴漆事件有著關(guān)系。

八號(hào)車廂里的殺人事件已經(jīng)偵破，而有希子與苦艾酒的對(duì)峙還沒有結(jié)束，在八號(hào)車廂制造火災(zāi)假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計(jì)劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務(wù)也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團(tuán)一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來協(xié)助柯南的究竟是何方神圣？

照經(jīng)營(yíng)管理出租公寓的桐谷貴江婆婆的說法，小五郎每個(gè)禮拜都會(huì)到她家里幫忙解決難題，對(duì)此感到難以置信的小蘭和柯南一起來到了桐谷婆婆家里等待，而出現(xiàn)的卻是自稱婆婆孫女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是為了探望婆婆的情況。婆婆管理的出租公寓內(nèi)傳來了慘叫，作為房客的傅川先生被害，而真正的兇手就在發(fā)現(xiàn)尸體的三個(gè)房客之中。