參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來(lái)到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫(huà)面上是“想要遇見(jiàn)那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無(wú)意中聽(tīng)到兩人的危險(xiǎn)談話(huà)被綁架，而在小蘭打來(lái)的電話(huà)中柯南他們開(kāi)始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場(chǎng)謀殺！

步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車(chē)輛的車(chē)種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因?yàn)榉溉丝赡艹钟姓囱蔫€匙，柯南推測(cè)鑰匙孔里會(huì)有血便請(qǐng)求測(cè)試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒(méi)有檢測(cè)出反應(yīng)！就在這時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測(cè)的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

阿笠博士帶著柯南和哀拜訪(fǎng)了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

柯南他們少年偵探團(tuán)坐阿笠博士的車(chē)去野營(yíng)。在那里認(rèn)識(shí)了4個(gè)戶(hù)外同好會(huì)的大學(xué)生。晚上他們中間的泰美卻不見(jiàn)了。柯南他們?yōu)榱藢ふ姨┟蓝鴣?lái)到放煙花的高臺(tái)，但在途中撞飛了落下的欄桿。到達(dá)高臺(tái)后仍然不見(jiàn)泰美的蹤影，在回來(lái)的路上，卻發(fā)現(xiàn)了倒在路邊的泰美遺體出現(xiàn)在街上。雖然看似事故的現(xiàn)場(chǎng)但在高木警官的提醒下警方最終確定是他殺事件！

受園子的邀請(qǐng)，柯南和小蘭為出席大賀財(cái)團(tuán)繼承人大賀真哉的結(jié)婚酒宴乘新干線(xiàn)來(lái)到了豪斯登堡。在途中柯南一行人遇上了做玻璃小酒杯的員工高橋純一。但是在第二天的結(jié)婚儀式前，放在新娘的化裝間里大賀家傳家寶紅寶石戒指卻失蹤了！而新娘香取茜草也不知道被誰(shuí)綁架，在一系列偵查之后柯南終于發(fā)現(xiàn)了犯人的真正目的。