阿笠博士和少年偵探團(tuán)一起去看sprite的球賽，然而在最后關(guān)頭sprite卻輸?shù)袅吮荣悾谑牵恍腥藥е吐涞男那榍巴儇浌荆驗殡y以接受事實而獨自一人留下，可在踢球的時候因摔倒而短暫暈厥過去，待他醒來撿球的時，卻發(fā)現(xiàn)了之前在停車場結(jié)識的德國人滿頭是血，讓人疑惑的是他在陷入昏迷之前一直指著元太，所幸柯南破解了他留下來的訊息并將嫌疑人鎖定在三人之中。

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號的所指，就在他要揭秘時卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師呢？

東西南北四個代表簡單做了自我介紹以后，就各自回房休息，吃飯的時候卻發(fā)現(xiàn)導(dǎo)播被人綁在形如密室的房間內(nèi)，所幸生命沒有受到威脅，就在大伙兒忙著尋找線索時，照顧他們起居的甲谷突然說這是比賽的第一題，北部代表越水七規(guī)承諾一小時之后就能重現(xiàn)密室手法，等待期間南部代表時津潤哉說起了一年前的薰衣草殺人事件。時間一點點過去，越水遲遲不現(xiàn)身，待大家趕到時，他已死在了密室中。

根據(jù)這個如此漏洞百出的犯案現(xiàn)場，柯南推斷前來拿走照片的人并不是黑暗組織，為查明真相，柯南讓店長分別給三個有備份鑰匙的人打電話詢問他們的行蹤，卻并未發(fā)現(xiàn)有何異樣，然而，一切都逃不過柯南敏銳的眼睛，他將凳子上汗?jié)n與這三個人是身形相聯(lián)系，斷定拿走照片的人就在他們之中并且這個人現(xiàn)在就在房間里。

FBI的所有警員立刻將送至各個病房的炸彈進(jìn)行回收，就在這時，水無憐奈出現(xiàn)在電視上，為一探究竟，所有搜查員都聚集到水無憐奈的病房，卻發(fā)現(xiàn)她好好的躺在那里，而這其實才是黑暗組織的目的，他們在炸彈上還安裝了發(fā)訊器，這樣一來水無憐奈的位置一目了然。既然已經(jīng)暴露，那就只能立刻將她轉(zhuǎn)移，為混淆視聽，F(xiàn)BI派出了三輛車，但即便如此今恩還是做出了判斷。