利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

終于熬到了周一，足球隊員問米小圈怎么沒有去打球，米小圈也很無奈，米爸讓他好好練習畫畫，今后好成為聞名世界的大畫家，隊員樂不可支，稱終于將力量相當的米小圈逐出隊伍，今后便可以自己成肌肉老師心目中的第一名了。聽到隊員這句話，無異于給米小圈一個殺手锏，他憤憤不平但是毫無辦法。接著，米小圈又收到一封來自未來的信箋，上面讓他噴水再看，結果米小圈照做，果真看到上面的字了，上面寫著米小圈將來是個大畫家，并且享譽全世界，讓米小圈抓緊現在的每一分鐘好好學習。信箋背后的署名是未來的米小圈。米小圈才不會那么傻，他拿著信箋跑去找米博文，稱自己知道他的伎倆，知道那封字跡會消失的信箋是他寫的，并且叮囑米博文今后還是不要費力氣了，他還是喜歡踢足球，根本不想成為畫家。米博文愣愣站在那里，臉上帶著一副無辜的表情。米小圈將那封來自未來自己的心給車遲說了，車遲卻覺得這是一個非常好的創意，剛好為他未來的發明指明方向，看到車遲什么都能聯想到未來，米小圈很是無奈。沒過多久，米小圈又接到一封匿名信，對方又稱是未來的米小圈寫的，并且稱米小圈未來真的就是一個畫家，并且為了證明他說的沒粗，還給了米小圈另外三個預言，就是米小圈會吃到一餐大

周六早晨頓比町公園內發現了命案，勒索恐嚇慣犯勝井優死亡，逐一排查嫌疑人后廣瀨純子小姐主動承認了自己的罪行，但毛利小五郎卻因為此事來到了警署。在案發當天八點的時候毛利小五郎在米花町看到了廣瀨小姐，這一點讓廣瀨小姐有了不在場證明，但聽到毛利的陳述后廣瀨小姐卻非常驚訝，柯南得知后認為此事并沒有那么簡單。

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國資本家阿曼達，柯南和灰原推測這是組織所為，但羽田浩司遇害時的房間卻不像是組織的一貫風格。地產公司社長被害時手里拿著阿笠博士發明的剪刀，目暮警官請阿笠博士來說明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。

柯南和平次傳來歷史學家的死訊，眾人陷入恐慌，并認為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細節，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內，待柯南等人趕到時已經喪命。經過一番調查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。