小五郎受邀來到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長仁地村被人綁架的畫面。社長的妻子兼副社長沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車解救人質(zhì)，就在電車開往中戶呂鐵橋的時候，沙希按照指示將包包從窗戶丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時，贖金已經(jīng)被犯人拿走，而社長仁地村也被殺害。雖然事情已經(jīng)結(jié)束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場進行調(diào)查，并發(fā)現(xiàn)……

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因為腳底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進行偵訊，每個人都沒有不在場的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當大伙兒再次來到菜園進行現(xiàn)場調(diào)查時，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關(guān)鍵線索。

柯南他們在米花百貨大樓里遇到了一個被不明人士綁滿炸彈的男人，他說歹徒的目的是為了抓住每周給他寄紅色t恤的人，如果找不到那個人，歹徒將引爆散落在各處的炸彈，面對如此危機的狀況，柯南將如何應(yīng)對？與此同時，貌似赤井秀一的燒傷男性也出現(xiàn)在了這棟大廈中，他給茱蒂老師留下“此處有危險”的訊息后消失不見，而得知赤井出沒米花百貨消息的黑衣組織也展開了行動，這個人真的是赤井秀一嗎？

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個周日的12：28所購買的物品，但專柜的銷售員卻不記得購買人的長相，與此同時，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開始躁動的時候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……

小五郎為錄制日賣電視臺的旅游節(jié)目來到了宮島，然而在拍攝期間，制作單位的工作人員卻接二連三發(fā)生奇怪的事件，柯南發(fā)現(xiàn)這些案件的發(fā)生與宮島七大不可思議傳說相對應(yīng)。途中，大家結(jié)識了紅葉饅頭店彌山屋的彌生小姐，并且得知四處調(diào)查工作人員的神秘男子似乎就是她的哥哥紳六，紳六在尋找兩年前跌落懸崖死亡的雙親后就突然消失，難道這件事與日賣工作人員有什么關(guān)聯(lián)？