柯南、小蘭和小五郎一起去逛商場，沒想到書店附近傳來了一聲尖叫，只見一名男子渾身是血昏倒在地，接到電話的警方火速趕到并立刻封鎖現(xiàn)場，期間柯南和偶遇的灰原從一名小偷那里得知了歹徒的些許信息，之后，二人又對樓上的牙科診所進(jìn)行了調(diào)查，根據(jù)搜集到的信息，他們鎖定了目標(biāo)，就在歹徒企圖再次傷人時，警察及時趕到。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無憐奈的事情。

柯南在和大家一起吃壽司的時候?qū)⑿∥謇陕樽恚?dāng)面戳穿了前來領(lǐng)獎的兩名冒牌貨，幫胡桃找到了記憶中的少年。雖然這件事情成功解決，但是十五年前的連續(xù)殺人案卻依舊找不到眉目，案件將在三天后失效，可目前追查兇手的線索卻只有有兩條。在柯南一行人去步美家玩的時候，灰原說自己在這棟公寓里遇見了一個穿著大衣吹著口哨的男人，難道十五年前的殺人兇手出現(xiàn)了？

電視臺要制作與小五郎24小時密切接觸的電視節(jié)目，為了討論節(jié)目內(nèi)容，小五郎帶著柯南和小蘭隨節(jié)目制作公司的社長染井彰吾一起前往東都電視臺制作人中目賴策的家中商討方案，沒想到大門竟然上了鎖而且按門鈴也沒有回應(yīng)，于是請來管理員打開門進(jìn)入公寓，出現(xiàn)在他們眼前的是因喝下毒咖啡而身亡的中目的尸體，從在桌面和地面上打翻的咖啡痕跡，柯南看出這是一起密室殺人案。

在找到的眾多刀具中，并沒有發(fā)現(xiàn)婆婆半夜所打磨的刀，并且阿笠博士發(fā)現(xiàn)自己帶來露營用的錘子也不見了蹤跡，就在柯南思考兇手為何拿走錘子時，步美正準(zhǔn)備向魚缸里倒水，他也由此而注意到了水位的下降，斷定兇器就在魚缸中，那么兇手就一定是他！期間，柯南還發(fā)現(xiàn)了婆婆幾十年前就離家的孫子翔太，許久未見，孫子又會以什么樣的表情面對婆婆呢？