小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時，因為迷路和爆胎被困在山上，這時又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說。第二天，寬念在修行的房間發現了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發生過。

這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時巧遇大學時代的同學大村。因為有事商量他們一同到了大村的公寓。在屋里喝茶說話時，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個男人倒地身亡。在警方調查下發現死者生田是在和同學聚會的途中出去后死亡的。而在勘察了現場之后柯南發現了犯人使尸體自動摔下的手法并以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認了罪行并坦白了自己殺人的原因。

關西的名高中生偵探服部平次，為了合氣道比賽而來到帝丹高中。工藤新一與平次雖然沒見過彼此，在心里卻把對方當成對手，可是表面上又裝出完全不在乎對方的樣子。後來平次在去帝丹高中的路上碰到搶匪，與毛利蘭一起在回家途中的新一，也一起幫忙追搶匪。後來是靠新一踢足球擊中搶匪，不過也同時打破一間民宅的玻璃，而里面還傳出女人的凄厲尖叫聲...

毛利小五郎受古董收藏家丸傳次郎之托，調查他太太丸稻子是否有外遇。結果遇到傳次郎有客人來拜訪。但是兩三個小時過去后仍然不見傳次郎的蹤影，在進入的房間后發現傳次郎已經被殺害！而房間的墻壁上也不滿了劍痕。經過調查后犯罪嫌疑人鎖定在了在小五郎之前來拜訪傳次郎的客人中。最終通過勘察現場柯南發現了死者留下了死亡訊息并最終找出了犯人。

茶木警官讓所有賓客互相做暗號，防止基德混入其中，這時，船內突然暗了下來，光束中基德出現，鈴木夫人毫不猶豫開槍射向他，一片混亂中，鈴木夫人解釋這是她請來的真田魔術師，小蘭在紙牌魔術中抽到了基德的留言，而這時一顆顆散落的珍珠在地上爆炸，賓客們躁動不安，戴在鈴木夫人身上的「黑暗星辰」也被偷走，柯南拉著小蘭來到機房說他已知道誰是基德……