阿笠博士帶少年偵探團到野外去露營，可卻在回程的途中在森林里迷路，誤打誤撞來到了一個被森林環(huán)繞的古堡，所幸主人很熱情的邀請大家入住古堡，然而住在里面的間宮家族好像隱藏這什么秘密，之后，柯南在房間的密室里發(fā)現(xiàn)一具骷髏，就在這時，有人從背后將他打暈。

柯南沒想到元太等人也悄悄的跟著他，這時，俊野提起哥哥曾打來電說自己和夏目漱石一樣的小說家在一起，柯南仔細(xì)想了想便明白哥哥想要傳達(dá)的信息。一家在警局旁邊的報社引起了少年偵探團的注意，柯南斷定這就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察卻不相信他們的話，無奈之下，柯南用變聲領(lǐng)結(jié)給暮目警官打電話，于此同時，元太等人卻私自潛入了報社……

少年偵探團不小心將棒球打到隔壁別墅的院子里，撿棒球的時候卻被別墅的主人綿貫義一趕了出來，在回到偵探事務(wù)所的路上，大家碰到一個跟假面超人里鼴鼠星人很像幸田正夫先生，他說他妹妹一個月前突然下落不明，一定是被綿貫殺掉埋在院子里，待他離開后。少年偵探團偷偷溜進院子挖尸體，這時，珠寶店發(fā)生搶劫案，兇手正是幸田正夫，他的目的到底是什么。

某天，小五郎收到一封請求信，一個叫中村操的人說他搬進繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個別墅確實充滿謎團，大門扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見動物時鐘，所有數(shù)字型時鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時鐘里出來的恐怖妖怪，解開這些謎團的鑰匙在哪里呢？

警方看到落地窗的鎖上有血跡，并在玻璃碎片上了發(fā)現(xiàn)了一個小洞，柯南和平次作出大膽推測，期間，柯南因看到遠(yuǎn)處樹上掛著的不明物體差點墜落陽臺，而當(dāng)時在旁邊的菊人卻因為懼高癥，沒有伸出援手，所幸有驚無險。在樹上找到兇器之后，兩人將所有的線索串聯(lián)起來，沒錯，兇手就是那個人！他們將所有人都叫到案發(fā)現(xiàn)場，說櫻庭就是兇手，可事實真是如此嗎？